Einosuke Obata wurde am 10. August 1850 in eine Samuraifamilie in Nakatsu auf der japanischen Insel Kyûshû geboren. Durch verschiedene Empfehlungen begann er, bei Ärzten Medizin zu lernen. Ab 1872 studierte er Zahnmedizin bei dem Amerikaner William St. George Elliott in Yokohama. Im April 1875 beendete er seine Ausbildung bei Elliott und meldete sich für das Zulassungsverfahren an, das gerade für alle verpflichtend geworden war, die sich als Ärzte westlichen Stils in Japan niederlassen wollten.
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